公司按照“精干高效、規范治理、獨立運作”的原則進行機構設置，內設6個職能部門和2個直屬供水部門，下轄6個子公司開展主要業務工作，正式職工102名。

一、峪泉供水部

峪泉供水部成立于2017年6月16日，是嘉峪關水務投資發展有限責任公司直屬部門，主要經營管理峪泉小城鎮供水工程、嘉西供水工程的正常運行和飲用水源地水源井遷建項目水源井管護工作，承擔著峪泉鎮人飲供水、嘉北嘉西工業園區企業生活、生產、生態供水以及園林生態綠化的安全供水。管理峪泉小城鎮及嘉西供水工程水源地10眼機井電器設備，500m3蓄水池4座，1000m3蓄水池1座、2000m3蓄水池4座；供水主管線35.09公里，人飲管線42.27公里；管理飲用水源地水源井遷建項目61眼水源井，供水主管線73公里，定期對管轄范圍內水利設施設備進行巡查養護、維修及用水戶的收費抄表等工作。

二、雙泉供水部

雙泉供水部成立于2017年6月16日，屬嘉峪關水務投資發展有限責任公司直屬部門。主要負責文殊鎮全鎮、新城鎮安遠溝村、雙泉工業園區、嘉峪關火車南站、西氣東輸壓氣站范圍內3000余用戶的生活、生產供水，600余戶河口日光溫室灌溉用水。管理500m3蓄水池四座，供水管道142.63公里，定期對管轄范圍內水利設施設備進行巡查養護、維修及用水戶的收費抄表等工作。

三、雙泉水利水電工程有限責任公司

雙泉水利水電工程有限責任公司是由嘉峪關水務投資發展有限責任公司出資設立的具有自主經營、自負盈虧、獨立核算的全資子公司。于2017年12月19日正式注冊成立，注冊資本1292.7102萬元。經營范圍：水利水電工程；市政公用工程；房屋建筑工程；建筑裝飾裝修工程；建筑幕墻工程；公路工程；鋼結構工程；機電安裝工程；電力工程；環保工程；城市綠化工程；園林古建筑工程；城市道路照明工程；勞務服務；勞務分包；機械設備安裝及租賃；房地產開發；水泥制品、建筑材料、塑料制品的批發、零售。 雙泉水利水電工程有限責任公司現具有水利水電施工總承包叁級資質，可承擔單項合同額6000萬元以下的小型水利水電工程和建筑物級別4級以下水工建筑物的施工總承包。       

四、雙泉供水有限公司

嘉峪關水文化雙泉供水有限公司于2013年7月成立，屬嘉峪關水務投資發展有限責任公司子公司。主要經營雙泉水庫、龍湖水庫、雙泉應急備用水庫、雙泉截引工程、南岸輸水工程安全運行管護，南市區供水管線巡檢及抄表，市林草局、市供水管理處及南市區水費收繳工作。承擔迎賓湖水庫、安遠溝水庫、“兩湖一河”供水工程、討賴河景觀工程、文殊鎮日光溫室農業灌溉供水任務。具體管護水面面積70.38萬k㎡，巡查范圍約74.76萬k㎡，巡查管線18.37km，年經營收入350余萬元。

五、嘉東供水有限公司

嘉東供水有限公司成立于2013年11月8日，屬嘉峪關水務投資發展有限責任公司子公司，主要以東湖為供水水源，負責嘉東工業園區企業生產綠化及林草局機場路兩側、航站區域、西部交易市場等綠化供水工作。年供水量約為620萬m3，負責轄區內供水工程及設施的管理、維修養護、水表查抄收費等工作。

六、景區經營管理有限公司

嘉峪關水文化景區經營有限公司成立于2013年11月8日，屬嘉峪關水務投資發展有限責任公司下轄子公司。主要負責嘉峪關討賴河生態文化景區AAA級景區、南湖文化生態園兩個水利景區的管理、商業經營及安全保衛工作，包括：討賴河休閑商業街房屋、濱水商業街房屋租賃；負責景區經營場所的日常管理及收費;負責南湖文化生態園、討賴河河道、月光樓、音樂噴泉等設施設備的維修維護；負責討賴河嘉峪關市區段應急度汛。

七、景區物業服務有限公司

嘉峪關水文化景區物業服務有限公司成立于2013年11月8日，屬嘉峪關水務投資發展有限責任公司下轄子公司。主要經營討賴河生態文化景區、南湖文化生態園及周邊、夜光樓、討賴河北岸休閑街、高壓通廊、雙泉應急備用水庫、水保林轄區內共147.83萬平方米綠化面積綠化養護，景區內17萬平方米的環境衛生清掃保潔、10座旅游公廁保潔，物業管理、服務及綠化基礎設施建設、相關配套設施的維修、保養服務等工作。

八、文化傳媒有限公司

嘉峪關水文化傳媒有限公司成立于2013年11月8日，屬嘉峪關水務投資發展有限責任公司下轄子公司。主要經營文化藝術交流、文化活動的合作與推廣、負責廣告策劃及媒體聯系；主要負責嘉峪關民間博物館群9座民營博物館、展覽館的日常管理和交流合作；負責公司網站及各類系統的運營和維護，負責各類商業、團體活動的接洽。